雄蚊有睾丸 1 对，自每一睾丸发出的输精管在远端膨大为储精囊，两者会合成射精管。射精管远端为阴茎，阴茎两侧有抱器。雌蚊有卵巢 1 对，输卵管在汇成总输卵管前的膨大部称壶腹，总输卵管与阴道相连。在阴道的末端有受精囊（按蚊 1 个，库蚊和伊蚊 3 个）和 1 对副腺的开口，阴道则开口于第八、九腹节交界处的腹面。每个卵巢由几十个至二百多个卵巢小管组成。
每个卵巢小管包括 3 个发育程度不同的卵泡囊（ F0llice ）， 顶端的为增殖卵泡囊，中间为幼小卵泡囊，靠近输卵管的为成卵卵泡囊。当成卵卵泡囊中的卵成熟排出后，幼小卵泡囊又发育为成卵卵泡囊，卵泡囊依次逐个发育成熟。每排出一次卵，顺卵巢小管上就留有1个膨大部。此外，呼吸系统中的微气管在卵巢上的分布成卷成细密的丝状，卵巢在妊娠后膨大，微气管也因而伸直，故可鉴别雌蚊是否经产。